1968ലാണ് കൊട്ടാരത്തില് ശങ്കുണ്ണി സ്മാരകസമിതി കോട്ടയത്ത് രൂപംകൊള്ളുന്നത്. അന്ന് മലയാള മനോരമ ചീഫ് എഡിറ്ററായിരുന്ന കെ എം ചെറിയാനായിരുന്നു സമിതിയുടെ ആദ്യ പ്രസിഡന്റ്.
സ്മാരകമന്ദിരം നിര്മ്മിക്കുന്നതിനുള്ള സ്ഥലം സംഭാവനയായി നല്കിയത് കൊട്ടാരത്തില് ശങ്കുണ്ണിയുടെ അനന്തരാവകാശി വാസുദേവനുണ്ണിയായിരുന്നു. കേന്ദ്രമന്ത്രിയായിരുന്ന പനമ്പിള്ളി ഗോവിന്ദമേനോന് 1969ല് സ്മാരകമന്ദിരത്തിന്റെ ശിലാസ്ഥാപനം നിര്വഹിച്ചു. 1972ല് മന്ദിരത്തിന്റെ നിര്മ്മാണത്തിന് തുടക്കംകുറിച്ചു.
പുസ്തകപ്രസാധകരായിരുന്ന തൃശൂരിലെ മംഗളോദയം കമ്പനിയുടെ കൈവശമിരുന്ന 'ഐതിഹ്യമാല'യുടെ പകര്പ്പവകാശം പതിനായിരം രൂപകൊടുത്ത് സമിതി വിലയ്ക്കു വാങ്ങി. സാഹിത്യപ്രവര്ത്തക സഹകരണസംഘം സെക്രട്ടറിയും സമിതി വൈസ് പ്രസിഡന്റായിരുന്ന ഡി സി കിഴക്കെമുറിയുടെ പ്രത്യേക താത്പര്യമനുസരിച്ച് പുസ്തകത്തിന്റെ പുതിയ പതിപ്പ് കൊട്ടാരത്തില് ശങ്കുണ്ണിയുടെ 120-ാം ജന്മദിനത്തില് സംഘത്തിലൂടെ പുറത്തുവന്നു. ആ പതിപ്പില്നിന്നു ലഭിച്ച ആദായംകൊണ്ട് സ്മാരകമന്ദിരത്തിന്റെ പണി തുടര്ന്നു നടത്തി. മെയ് 14ന് ആയിരുന്നു മന്ദിരത്തിന്റെ ഉദ്ഘാടനം. 1978 മുതല് എല്ലാ വര്ഷവും ഏപ്രില് നാലിന് കൊട്ടാരത്തില് ശങ്കുണ്ണിയുടെ ജന്മദിനം സമിതി ആഘോഷിച്ചുവരുന്നു. 1981 മുതല് സ്മാരകപ്രഭാഷണപരമ്പര ആരംഭിച്ചു. 1980ല് സ്കൂള് ഓഫ് ആര്ട്സ് തുടങ്ങി. 85ല് സംഗീതവിദ്യാലയവും. 2001ല് നഴ്സറി സ്കൂളും ആരംഭിച്ചു. 1991ല് സമിതി ഒരു ട്രസ്റ്റാക്കി രജിസ്റ്റര്ചെയ്തു. 1997ല് 'കൊട്ടാരത്തില് ശങ്കുണ്ണിയുടെ സമ്പൂര്ണ്ണകൃതികള്' സമിതി പ്രസിദ്ധപ്പെടുത്തി.